Аспирантура в Российском университете транспорта организована в 1925 году, а докторантура в 1988 году.
В настоящее время аспирантура в РУТ (МИИТ) лицензирована по 15 направлениям подготовки кадров высшей квалификации.
На базе университета созданы 8 диссертационных советов по 19 научным специальностям и один объединенный диссертационный совет по 2 научным специальностям.
Общее число аспирантов, докторантов и прикрепленных по университету на 01.01.2020 г. составляет 590 человек.
Востребованность выпускников аспирантуры и докторантуры является одной из важнейших характеристик работы университета, и позволяет судить о качестве подготовке специалистов высшей квалификации.
За счет выпускников аспирантуры и докторантуры омолаживается профессорско-преподавательский состав кафедр, а также высококвалифицированные специалисты из выпускников аспирантуры и докторантуры востребованы в организациях и предприятиях транспортной отрасли.
В 2019 году в диссертационных советах университета было защищено 38 кандидатских и 2 докторские диссертации.